元朝的时候，日本政府和元政府禁止两国的人民互相通商往来。明朝初期，明政府与日本建立了贸易关系。后来，日本的一些在国内混战中失败的武士，勾结日本浪人和走私商人，带着货物和武器，一方面走私，另一方面不断抢掠中国沿海地区的居民。这些进行走私活动与在沿海抢劫的日本浪人和走私商人，明朝人叫他们“倭寇”。
嘉靖二年（1523），有两批日本商人在宁波发生了武装冲突。他们焚掠宁波、绍兴一带，绑走了明朝的官吏，于是明政府废除了宁波、泉州两个市舶司，停止了对日本的贸易。
但是，日本的浪人和走私商人仍不断来福建、浙江沿海一带走私劫掠，并且和中国地方的大官僚、大地主勾结，甚至中国的奸商也参加了倭寇的海盗活动。这样，倭寇之患便越来越厉害。
嘉靖三十二年（1553），倭寇大规模地登陆侵扰，到处劫夺财物，屠杀人民，掳掠人口。我国东南沿海的人民遭受到了很大的灾难。1555年，明政府调戚继光到浙江驻防。
戚继光（1528—1587），山东东牟（今山东莱芜）人，武艺出众，治军严明。他到任以后，看到当地官军腐败，就亲自到义乌招募了三千多人，主要是矿夫和农民，经过两个多月的训练，编成一支新军。随后他又在台州等地招募渔户，编成水军。戚继光的军队纪律严明，对百姓秋毫无犯，人们称之为“戚家军”。根据江南的特殊地理情况，戚继光还创造了一种适合在多水湖泽地带作战的阵法——“鸳鸯阵”。这种阵法以十二人为一作战单位，长短兵器相互配合，指挥灵活，常在战斗中取胜。
1561年，将近两万的倭寇焚掠浙江台州。戚继光率领大军在台州附近和倭寇一连打了一个多月的仗，在当地人民的协助下，使侵犯台州的倭寇遭到歼灭性的打击。
台州大捷后，戚继光升任都指挥使，负起更大的海防责任。他又增募义乌民兵三千人，使“戚家军”的精锐部队增加到六千人。
1562年，倭寇又大举侵入福建，到处烧杀抢掠。戚继光奉命率领精兵从浙江到福建，他身先士卒，到福建第一仗就收复了被倭寇侵占达三年之久的横屿。接着，他乘胜进军，攻克了牛田、兴化（今莆田市），捣毁了倭寇的巢穴，取得了很大的胜利。援闽的战斗告一段落，戚继光班师回浙江。
戚继光离开福建不久，又新来了大批倭寇，抢掠福建沿海各县，攻占了兴化城、平海卫（在莆田）等地。明政府命令俞大猷担任总兵官，戚继光为副总兵官，让他们两人火速开往前线。
嘉靖四十二年（1563），戚继光从浙江率领新补充的“戚家军”一万多人，赶到福建和俞大猷会师，把敌人打得大败，收复了平海卫和兴化城。戚继光因功升为总兵官。1564年，“戚家军”又大败倭寇于仙游城下，给被围五十天的仙游城解了围。残余的倭寇纷纷逃跑，福建的倭寇全被驱逐。1565—1566年，戚继光又配合俞大猷肃清了广东的倭寇。东南沿海的倭患至此完全解除。
