2019年12月31日上午，国家卫健委专家组抵达武汉，展开相关检测核实工作。调查发现，该次肺炎病例大部分为华南海鲜城经营户。[5]

2019年12月30日，武汉市卫生健康委员会医政医管处发布《关于做好不明原因肺炎救治工作的紧急通知》。通知要求各医疗机构要及时追踪统计救治情况，并按要求及时上报。[5]

2019年12月31日，武汉市组织同济医院、省疾控中心、中科院武汉病毒所、武汉市传染病医院及武汉市疾控中心等单位的临床医学、流行病学、病毒学专家进行会诊，专家从病情、治疗转归、流行病学调查、实验室初步检测等方面情况分析认为上述病例系病毒性肺炎。相关病毒分型检测、隔离治疗、终末消毒等工作在进行中。[11]

2020年1月1日，对华南海鲜批发市场采取休市措施，并对武汉市公共场所，特别是农贸市场进一步加强防病指导和环境卫生管理。三是广泛宣传防病知识，增强公众自我防护意识。四是配合国家和省进行病原学研究。五是配合国家卫生健康委及时向世界卫生组织等通报疫情信息。[12]

2020年1月5日晚，武汉市卫健委通报，流行病学调查显示，部分患者为武汉市华南海鲜城（华南海鲜批发市场）经营户。初步调查表明，未发现明确的人传人证据，未发现医务人员感染。已排除流感、禽流感、腺病毒、传染性非典型肺炎（SARS）和中东呼吸综合征（MERS）等呼吸道病原。病原鉴定和病因溯源工作仍在进一步进行中。[7]

截至2020年1月7日21时，实验室检出一种新型冠状病毒，获得该病毒的全基因组序列，经核酸检测方法共检出新型冠状病毒阳性结果15例，从1例阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。专家组认为，本次不明原因的病毒性肺炎病例的病原体初步判定为新型冠状病毒。[13]

2020年1月20日， 针对“新型冠状病毒感染的肺炎疫情”有关防控情况，国家卫健委高级别专家组组长钟南山院士、国家卫健委高级别专家组成员高福、李兰娟、袁国勇、曾光等今天下午就公众关心的问题回答记者提问。对于疫情的形势的研判，钟南山院士表示，目前有三个特点。国家卫健委高级别专家组组长 中国工程院院士 钟南山：95%以上都跟武汉有关系，去过武汉，从武汉来，这是一个特点。第二个特点就是目前已经证实了有人传染，是在两个地区，一个在广东，一个在武汉，证实有人传染。第三个特点也证实了有医务人员的感染，那么这三个情况以及医务人员的感染，最后证实围绕着有新型冠状病毒的病人因为护理各方面，14个医务人员的感染。[14]

2020年1月27日，山东省药品监督管理局发布消息称，山东艾克韦生物技术有限公司研发的2019新型冠状病毒核酸检测试剂盒，已于今天上午9点完成所有项目检验，产品符合技术要求，成为山东省法定检验机构检定合格的首个新型冠状病毒检测产品。[15]

2020年1月31日，中国香港大学科学家公布了一张放大图片，图片显示了本次新型冠状病毒感染的肺炎爆发的微生物原因。 新型冠状病毒的薄片和扫描电镜显示了在培养中生长的受感染细胞的一部分，其病毒颗粒从细胞表面释放出来。与两名同事一起培育出病毒的香港大学病理学临床教授约翰·尼科尔斯（John Nicholls）表示，每一个受感染的细胞都会产生数千个新的传染性病毒颗粒，这些颗粒会继续感染新的细胞。

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