中国科学院机构知识库(中国科学院机构知识库网格（CAS IR GRID）)以发展机构知识能力和知识管理能力为目标，快速实现对本机构知识资产的收集、长期保存、合理传播利用，积极建设对知识内容进行捕获、转化、传播、利用和审计的能力，逐步建设包括知识内容分析、关系分析和能力审计在内的知识服务能力，开展综合知识管理。
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生物信息学札记(第三版).pdf
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目录
第一章 生物信息学通论
第一节 生物信息与生物信息学
一、迅速膨胀的生物信息
二、生物信息学的概念
第二节 生物信息学发展简史
第三节 基因组时代：生物信息学的应用与展望
第二章 分子数据库
第一节 初级数据库
一、DNA数据库
二、基因组数据库
三、蛋白质序列数据库
四、蛋白质结构数据库
第二节 初级序列数据的注释
第三节 数据库信息检索系统
第四节 数据库的冗余与偏误
第五节 向数据库发送序列数据及其它
第三章 序列分析与比较
第一节 序列组成和单一序列分析
一、碱基组成
二、碱基相邻频率
三、同向重复序列分析
四、DNA序列的几何学分析——Z曲线
第二节 序列联配
一、Needleman-Wunsch算法
二、Smith-Waterman算法
三、序列相似性统计特征
四、替换矩阵
五、多序列联配
第三节 数据库搜索引擎——BLAST和FASTA应用
一、数据之海与一叶轻舟
二、BLAST：核酸数据库搜索
三、BLAST：蛋白质数据库搜索
四、FASTA：另一种搜索策略
第四节 寡核苷酸设计
一、寡核苷酸设计
第四章 基因组测序与分析
第一节 DNA测序与序列片段的拼接
一、DNA测序的一般方法
二、DNA片段测序策略
三、基因组测序策略
四、序列片段的拼接方法
五、EST测序
第二节 基因组注释：基因区域的预测
一、从序列中寻找基因
二、最长ORF法等：基于编码区特性
三、序列相似性比较法
四、隐马尔可夫模型（HMM）
五、神经网络
六、RNA二级结构预测
第三节 基因组分析
一、基因组分析：生物信息学发展的“史记”
二、比较基因组学
第四节 基因组分析举例：水稻基因组分析
一、 现代的二倍体，古老的多倍体
二、 最小的核基因组：基因组在扩增还是在缩小？
三、 籼粳稻分化时间比原来估计的要迟得多
四、 水稻高GC含量基因的进化机制
五、 水稻小RNA可能是驯化和育种选择的靶基因
第五章 分子进化
第一节 系统树及其它
第二节 距离矩阵法
第三节 简约法
第四节 似然法
第六章 蛋白质结构与功能预测
第七章 内源非编码小RNA分析
第八章 遗传多态性及正向选择检测
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